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法人設立

ライフサイエンス・ヘルスケアスタートアップを立ち上げるために必要な法人設立の手続き・要件・注意点を、ステップごとにわかりやすく解説します。


法人形態の選択:株式会社か合同会社か
スタートアップの法人形態には主に「株式会社」と「合同会社」がありますが、外部からの大規模な資金調達が必要になるライフサイエンス分野では、株式会社の設立が一般的です。
一方、近々VCから資金調達する予定がなければ、機関設計がシンプルな合同会社でもよいでしょう。将来的に、合同会社から株式会社への形態変更も可能です。
「株式会社と合同会社のどちらがよいか」、J-Net21、起業マニュアル 第6章、独立行政法人中小企業基盤整備機構、https://j-net21.smrj.go.jp/startup/manual/list6/6-3-3.html]​

会社設立の具体的な流れ(株式会社の場合)
株式会社の設立は、以下のステップで進めます。専門家(司法書士など)に依頼することも可能です。
  • 基本事項の決定 📝
    • 商号(会社名)、事業目的、本店所在地、資本金の額、発起人(創業者)、設立する株式数、役員構成などを決定します。
    • ポイント:事業目的には、将来展開する可能性のある事業も記載しておくことをお勧めします。許認可が必要な事業は、その要件を満たす目的を記載する必要があります。
  • 定款(ていかん)の作成・認証 ✒️
    • 会社の根本規則である定款を作成します。
    • 作成後、公証役場で認証を受けます(電子定款の場合は印紙代4万円が不要となります)。なお、定款認証の面前審査は現在原則としてウェブ会議で行われています 。
  • 資本金の払込み 💰
    • 発起人個人の銀行口座に、定められた資本金を振り込みます。その通帳のコピーが払込みの証明となります。
  • 登記書類の作成 📑
    • 登記申請書、就任承諾書、本人確認書類など、法務局へ提出する必要書類を準備します。
  • 会社設立登記の申請
    • 本店所在地を管轄する法務局に登記申請を行います。この申請日が、会社の設立日となります。
    • オンライン申請も可能です 。
  • 設立後の諸手続き 🏢
    • 税務署、都道府県税事務所、年金事務所などに法人設立届出書や社会保険の加入手続きなどを行います。
    • マイナポータルの「法人設立ワンストップサービス」を活用すれば、定款認証・登記・税務・社会保険等の手続きをオンラインでワンストップで行うことができます 。
「株式会社の設立手続き」、J-Net21、起業マニュアル 第6章、独立行政法人中小企業基盤整備機構、https://j-net21.smrj.go.jp/startup/manual/list6/6-2-1.html]​
「商業・法人登記申請手続」、法務局、法務省法務局、https://houmukyoku.moj.go.jp/homu/touki2.html]​
「株式会社の設立登記をしたい方(オンライン申請)」、法務局、法務省法務局、https://houmukyoku.moj.go.jp/homu/shogyo_online01.html]​
「法人設立ワンストップサービス」、マイナポータル、デジタル庁、https://app.e-oss.myna.go.jp/Application/ecOssTop/]​

公的な相談窓口の活用
会社設立やその後の事業運営には、会計、人事労務など専門的な知識が不可欠です。起業前に、専門家や公的機関の相談窓口でご相談されることをお勧めします。
  • アカデミアの産学連携部門を活用する
    • アカデミアの研究者の方であれば、まずは所属機関の産学連携部門に相談することから始めてください。起業だけでなく、知財、研究支援、そしてビジネスマッチングまで、一貫した支援が受けられます。アカデミア発スタートアップに認定されることで、さらに充実した支援を受けられるようになります。
  • 中小機構を活用する
    • アカデミア所属でない場合は、中小機構や自治体の相談窓口で情報収集・相談するとよいでしょう。​
    • 「起業・創業の相談窓口」、J-Net21、独立行政法人中小企業基盤整備機構、https://j-net21.smrj.go.jp/startup/]​
  • 自治体による支援を活用する
    • 各自治体も手厚い創業支援を行っています。例えば東京都では、創業に関する情報を一元的に提供する「東京都創業NET」があります。さらに、東京都には「東京開業ワンストップセンター(TOSBEC)」があり、法人設立や事業開始時に必要な行政手続(定款認証・登記・税務・年金/社会保険・入国管理)を1か所で行うことができます。国と東京都が共同で運営しており、何度利用しても無料です 。拠点は赤坂・渋谷・有楽町の都内3か所にあります 。また、令和7年2月26日より、法務省が作成した「会社設立登記の申請書等作成支援ツール」を用いた申請書の提出にも対応しています 。
    「東京都創業NET」、東京都産業労働局、https://www.tokyo-sogyo-net.metro.tokyo.lg.jp/]​
    「東京開業ワンストップセンター」、東京都スタートアップ・国際金融都市戦略室、https://www.startup-support.metro.tokyo.lg.jp/onestop/jp/]​

法人設立のポイント
  • 法人設立には、法人登記の住所が必要ですが、立ち上げ当初は人数が少なかったり、ビジネスモデル上大きな人員が必要ない場合もあります。最初は、いわゆるバーチャルオフィスを活用することが、コスパ・タイパよく法人設立するポイントです。
  • 特に医薬品や医療機器などを開発するスタートアップの場合は、ライフサイエンスのエコシステム内で法人設立することをお勧めします。エコシステム内にはコワーキングスペースがあり、関係企業・機関が集積しているので、ビジネスネットワーキングも格段にしやすくなります。ライフサイエンス領域は特殊性・専門性が高いため、一般のスタートアップエコシステムでは物足りない感は否めません。エコシステム内に法人設立することが難しければ、エコシステムの会員になって別途情報収集できるようにするとよいでしょう。
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本サイトに掲載する情報は、厚生労働省、経済産業省、PMDA等の公的機関が発行する一次資料に基づき、正確性を期して作成していますが、その完全性、正確性、最新性を保証するものではありません。法規制は改正されることがあり、掲載情報が最新でない場合があります。本サイトの情報は一般的な情報提供を目的としたものであり、個別の薬事・法務・知財・税務等に関する専門的助言に代わるものではありません。具体的な判断や手続きにあたっては、必ず所管の規制当局または専門家にご確認ください。本サイトの情報に基づいて行われたいかなる行為についても、JPROは一切の責任を負いません。

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Author:上谷 和司(Kaz Kamitani)
厚労省、経産省、中小機構、東京都等自治体のスタートアップ支援機関にてアドバイザーを務める。
Serving as advisor and mentor at startup support programs under MHLW, METI, SME Support Japan, Tokyo Metropolitan Government, and other local governments.
​本サイトは、スタートアップや研究者が十分な知識を持った上で主体的に事業化を進められるよう支援することを目的とし、プロボノ活動の一環として運営しています。公的機関の一次資料に基づく情報と、アドバイザーとしての著者の知見を提供しており、当オフィスを含め特定の民間企業や有償サービスの紹介はしておりません。 This site is operated as a pro bono initiative, with the mission of equipping startups and researchers with the knowledge they need to take the lead in building their businesses. It offers information based on primary sources from government agencies, combined with insights from the author's experience as a public institution advisor. We do not introduce or endorse any specific private companies or paid services, including our own. Ⓒ2026 JPRO
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